Embasada em documentos oficiais como as Diretrizes Curriculares Nacionais Gerais para Educação Básica (Brasil, 2012), a Escola Lápis de Cor aborda o ensino das Ciências da Natureza em seu curriculum escolar, considerando a pesquisa como princípio pedagógico. Dessa forma, a escola assume os seguintes objetivos no ensino dessa disciplina:

 - Criação de espaços de aprendizagem, exploração do Espaço Ciências e Aulas de Campo;

- Diálogos e reflexões entre professores, coordenadores e estudantes, provocando uma forma de intervenção consciente e proposital para que todos possam desenvolver a criticidade e a refletividade acerca de sua prática docente;

- Estudos sobre a abordagem da metodologia no ensino de ciências – a resolução de problemas e a pedagogia da pergunta como vias para propiciar o desenvolvimento da personalidade integral dos estudantes.

Nessa perspectiva, o ensino de Ciências na escola tem como objetivo mostrar aos estudantes como é a representação da realidade à sua volta, como é o seu próprio corpo e quais as relações que existem entre ele, todos os outros seres e o mundo, pois tudo na natureza está conectado.

Ensino por Investigação

A Escola Lápis de Cor, entre as diversas estratégias didático-pedagógicas, abordadas nas aulas de Ciências da Natureza, assume o Ensino por Investigação, tendo a Resolução de Problemas como uma das vias para promover aprendizagem dos estudantes e o desenvolvimento da
sua personalidade integral.

Essa perspectiva de ensino está associada às aulas no Espaço Ciências, aulas de campo, aulas na sala de arte e em ambiente tecnológico da escola. Também agregado a esse ensino, os estudantes participam de atividades científicas, expondo seus trabalhos na Semana de Ciência e Tecnologia da UFRN (CIENTEC).