O serviço de nutrição é responsável por toda alimentação servida na escola. Os cardápios são elaborados seguindo as recomendações nutricionais específicas para as diferentes faixas etárias. São oferecidos alimentos variados em sua composição nutricional, e suas preparações contam com receitas enriquecidas que aumentam a oferta e aproveitamento dos nutrientes, seguindo as normas de higiene e segurança alimentar.

Nas alergias ou deficiências nutricionais são prescritas dietas especiais, seguindo a orientação da nutricionista e do pediatra da criança. Os funcionários da Lápis de Cor são preparados para estimular a criança a ter bons hábitos alimentares e higiênicos, como por exemplo: mastigar bem os alimentos, consumir frutas e verduras, respeitar os horários da alimentação, lavar as mãos antes e após as refeições, tudo dentro de um ambiente de harmonia, utilizando métodos de orientação nutricionais e pedagógicos.