Por acreditar que um ambiente seguro é fundamental para o bem-estar de todos dentro da instituição, a Lápis de Cor não deixa de lado a atenção quanto à segurança dos estudantes. Para isso, a escola elaborou um projeto de prevenção de acidentes que é gerenciado por um técnico de segurança e consiste em:

- Inspeção de segurança;
- Checklist de qualquer eventual irregularidade nas instalações;
- Verificar se os serviços levantados no checklist foram realizados;
- Verificar se a saída de emergência e a rota de fuga estão sempre desobstruídas;
- Inspeção dos eventos realizados pela escola;
- Realizar simulação de emergência;
- Palestra sobre prevenção de acidente para todos os funcionários;
- Palestra de prevenção a incêndio para todos os funcionários;
- Inspeção nos equipamentos de combate a incêndio;
- Simulação de abandono.

A Lápis de Cor conta, ainda, com o serviço da Área Protegida da UNIMED para os casos em que ocorrer algum acidente dentro da escola. Neste caso, o atendimento de urgência é realizado no próprio local e, em seguida, é encaminhado ao hospital indicado. Além disso, o serviço de odontopediatria garante também o atendimento de urgência às crianças em caso de acidente.